关于in with by作“用”的使用方法问题

据我所知道，by可以用于交通工具和抽象的工具和方法，但不能加冠词。

而with接具体的工具和抽象的方法但要加限定词。而in则接某种语言和材料。

但我却在平常非常常看见一些抽象或者具体的方法和方法用in来表达。

譬如：we will send out the report in separate email.（假如in后面接方法或者方法则要加限定词或者形容词吗？譬如in an email）

cut with knife。(为什么这里不需要加限定词？）

他们三者之间能否互换？

in后接工具，后面的名词抽象化，一般不需要限定词，比如：可以说write in pen/pencil. 但这种使用方法不少和惯用有关，不可以随意替换。譬如，我没见过cut in knife的说法。你列举的in separate email，不是in的这种使用方法，这是email的不可数使用方法的结果。with+工具要用限定词。